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管理/安裝/更新/移除軟件
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一般主要 GNU/Linux Distribution 附隨的軟件都很豐富，應付日常應用、架設伺服器或開發程式所需的軟件一般都一應俱全。有些 Distribution 的附隨軟件數量甚至數以萬計，佔用數張 DVD。當然，只有部份已安裝在您的電腦上。您一般可以在 Distribution 的安裝光碟找到其他軟件。部份 Distribution 亦可以透過 Internet 隨時下載其附隨軟件﹐十分方便。
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官方提供的軟件/套件
初學者最好只使用 Distribution 官方提供的軟件。這些軟件一般都已被調校到可以和 Distribution 本身及其他附隨軟件互相配合，亦經一定程度的測試，令它們比其他軟件都更易安裝、更易管理和更穩定。而當這些附隨軟件或系統本身有任何問題或安全漏洞時，大部份 Distribution 都會在短時間提供更新，令您的系統更安全。所以除非您所要的軟件未有包括在 Distribution 的軟件庫中，Distribution 所提供的附隨軟件未能滿足您的需求或您想對軟件作出更精細的調校，否則最好還是使用 Distribution 所提的軟件版本。
- CentOS
- Debian
- Edubuntu
- Fedora
- Kubuntu
- Mandrake 及 Mandriva 2005
- Mandriva 2006 或以上
- Red Hat Enterprise Linux
- Ubuntu
- Xubuntu
線上套件管理系統
- APT - 適用於 Debian, Ubuntu, Red Hat 9, Fedora Core 1, 2 & 3 。
- YUM - 適用於 Yellow Dog Linux, Fedora Core 3, 4
- urpmi - 適用於 Mandrake 及 Mandriva 2005 。
- Smart - 適用於 Mandriva 2006 或以後版本。
個別軟件
個別常用軟件，可能基於版權問題，未能被收錄在 distribution 官方軟件中。這些軟件的詳細安裝方法可參閱以下文章：
套件檔案 (*.deb/*.rpm)
不少軟件已在其網站提供了套件檔案 (*.deb/*.rpm)，供人直接下載安裝。不過留意這些非官方套件檔案相應的 distribution 及版本 (可查閱下載網頁的說明或由套件檔案名稱推算) ，並同的 distribution 及版本可能會有不兼合的情況出現，例如部份供 SuSE 的 RPM 套件並不適用 Fedora/Red Hat/CentOS 系統。而這些套件檔案的維護工作全供個別公司、開發者或自願人仕但供，部份未必經過測試，問題可能較多及較不穩定。另外，軟件如被發現有安全問題，未必即時有修正了版本的套件檔提供。
- dpkg (*.deb) - 適用於 Debian、Ubuntu、Xandros
- RPM (*.rpm) - 適用於 CentOS、Fedora、Mandriva、OpenSuSE、Red Hat、SuSE
軟件源碼 (source code, *.tar.gz/*.tgz/*.tar.bz2)
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